盡管工程項目管理軟件在我國的應用已經取得了很大的進步，但從目前的應用效果上來看，還有很多不盡人意的地方。工程管理軟件應用推廣中存在的問題表現在以下兩個方面。
1.意識上的問題
隨著市場壓力的逐漸增大，很多建筑企業都體會到信息的重要性，體會到軟件應用的重要性，都認識到項目管理軟件在企業和項目中的應用可以促進企業發展。但在實際操作上，各個企業有很大差別。大部分企業對此持積極態度，但也有些企業不愿在工程項目管理軟件的應用上增加投入，認為軟件價格過高，而且其應用不僅在短期內不會帶來效益，還會增加負擔。在這種指導思想下，企業很難把軟件的應用變為企業的主動自覺的行為，即使在某些項目上使用了項目管理軟件，也經常是在項目的甲方或上級領導的要求下使用的，根本保證不了使用效果。當然，對于大多數中小企業來說，資金和人才也是妨礙軟件應用的一大障礙。?
隨著企業競爭環境的不斷變化，會促使企業向信息化尋求出路，隨著與軟件相關的管理思想和信息技術的成熟及成本下降也會使企業在這方面的的積極性會進一步提高，可以說，意識上的問題將不成為問題。?
2.使用深度和使用范圍方面的問題
目前，很多企業都擁有了各種各樣的項目管理軟件，但由于存在認識水平、重視程度、管理基礎、經濟效益等方面的差異，這些軟件在各個企業和各個項目上的應用水平和應用深度有很大的不同。水平高的企業或項目擁有一整套完整的項目管理軟件應用規范和與之相配套的定性、定量相結合的規章制度和相關規定，在項目管理軟件的應用上得心應手；而相當一部分項目和企業對軟件的應用僅僅局限于一個比較淺的水平上，這里除了有硬件方面和人員方面的因素外，很大程度上還在于這些項目和企業的意識、管理基礎和管理水平與項目管理軟件應用的要求存在一定的差距。?
項目管理軟件的應用能否取得成功，除了相關的技術因素之外，更大的因素將取決于能不能將先進的管理理念同企業的具體實際良好結合。項目管理軟件的應用與其說是技術問題還不如說是管理問題。管理的不科學、流程的隨意性、“人治”與“法制”的混淆在很多企業和項目的管理過程中都不同程度地存在，如何抓住機遇，將企業和項目的管理與計算機軟件的應用相互融合，如何根據信息化的要求，實現企業和項目業務流程重組和組織結構優化，是當前大部分企業和工程項目的參與方應該著手解決的問題。?
此外，項目管理軟件在項目和企業中的應用存在著極大的不平衡，往往是企業的中間技術層，或項目的某個參與方，尤其是設計單位和業主初步實現計算機管理，采用了一些軟件；但企業的決策部門或項目的其他參與方在這方面很薄弱，這種不平衡狀況的存在也直接影響軟件的使用效果。
與其他重復性運行或操作的工作不同，項目管理具有一次性、獨特性、目標的確定性、活動的整體性、組織的臨時性和開放性、成果的不可挽回性等屬性，因此，要確保項目的成功，獲得讓所有項目相關者滿意的效果，項目經理除了需要清晰地把握項目流程外，更要具備優秀的信息管理、溝通管理、沖突管理、風險管理、質量管理和集成管理等能力。
清華大學項目經理培訓課程精選戰略管理、人力資源管理、財務管理和項目管理實戰四個專題的核心課程，輔以模擬實戰演練和案例研討，項目經理不僅能切實提高項目管控的水平，更能站在企業戰略的高度，將項目管理與企業發展聯系起來，從而推動企業的高效運作。
